
El C.N.A. como laboratorio Nacional de Referencia para Zoonosis de origen alimentario, Real Decreto 1940/2004, de 27 de septiembre, "sobre la vigilancia de las zoonosis y los agentes zoonóticos", lleva acabo la investigación de agentes zoonóticos bacterianos transmitidos por alimentos, así como el estudio de la resistencia a los antimicrobianos a ellos asociada. Entre las bacterias responsables cabe destacar entre otras, la investigación de Escherichia coli O157 H:7; Escherichia coli verotoxigénicos; Salmonella spp; Campylobacter coli; Campylobacter jejuni; Listeria monocytogenes, Clostridium botulinum y toxinas botulínicas. Dentro de las zoonosis producidas por parásitos, se investiga la presencia de Trichinella spp. en carne y productos cárnicos, además de otros parásitos pertenecientes a la familia Anisakidae, que están relacionados con el consumo de pescado o de cualquier otro alimento marino, crudo o insuficientemente tratado o cocinado. En el grupo de las zoonosis víricas, se han incorporado métodos para la investigación de virus en especial para virus de Hepatitis A y Calicivirus (Norovirus) con el fin de controlar las contaminaciones de origen vírico en los moluscos bivalvos.
Como laboratorio de Referencia se da apoyo a los diferentes laboratorios de control oficial, cuando solicitan estudios de confirmación de ciertas cepas de bacterias patógenas, que una vez aisladas, precisan de un estudio complementario de confirmación, mediante biotipado o serotipado, en especial para Listeria monocytogenes.
Las actividades de referencia implican el desarrollo e implantación de nuevas metodologías para la investigación de microorganismos relacionados con las zoonosis de origen alimentario, para este fin, se han incorporado en el análisis rutinario metodologías de biología molecular, como es la PCR cuantitativa (PCR Tiempo Real), para investigar Salmonella y Listeria monocytogenes entre otros microorganismos patógenos.
Dentro de las intoxicaciones alimentarias, cabe destacar la investigación del agente causal de botulismo así como de sus toxinas, según de la forma clínica que se trate, ya que se puede presentar en distintas formas, sólo las de origen alimentario son las que tienen interés, por un lado la intoxicación botulínica propiamente dicha, que es cuando se ingiere la toxina preformada en alimento implicado y otra forma clínica, es el "botulismo del lactante", que se vincula a la ingestión de esporos de Clostridium Botulinum, cuyo origen puede ser el suelo o a través de la ingestión de miel u otros jarabes o infusiones de hierbas contaminados con esporas.
El estudio se completa mediante el aislamiento e identificación bioquímica de la de la posible presencia del microorganismo Clostridium Botulinum, el cual se puede realizar en el caso del botulismo del lactante o en otros alimentos .