Aunque el proceso de autorización de los alimentos y piensos modificados genéticamente es único y centralizado a nivel europeo, no es competencia de esta agencia lo relativo a los aspectos medio ambientales y a la alimentación  animal (piensos).

Según las definiciones establecidas en el Artículo 2 del Reglamento (CE) Nº 1829/2003 del Parlamento Europeo y del Consejo, de 22 de septiembre de 2003, sobre alimentos y piensos modificados genéticamente, se entiende por:

Alimentos modificados genéticamente, como aquellos alimentos que contienen o están compuestos por OMG o han sido producidos a partir de ellos.

Organismo modificado genéticamente (OMG) destinado a la alimentación humana, es aquel OMG que puede utilizarse como alimento o como material de partida, para la producción de alimentos.